De Wetenschappelijke adviescommissie (WAC Wetenschappelijke Adviescommissie (Wetenschappelijke Adviescommissie)) toetste de ketenbrede afspraken op ambitieniveau en relevantie aan de doelstellingen van het Akkoord.

De WAC was ingesteld door de toenmalige minister van VWS Ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport (Ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport). Het secretariaat van de commissie werd gevoerd door het RIVM Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu). De WAC-leden waren onafhankelijk en hadden een wetenschappelijke expertise op gebied van onder andere voedingskunde, producttechnologie en consumentenwetenschappen. De WAC bracht advies uit aan de Stuurgroep.

In het kader van de code ter voorkoming van oneigenlijke beïnvloeding door belangenverstrengeling hadden de leden van de wetenschappelijke adviescommissie allen een belangenverklaring ingevuld.

Tot en met medio 2018 heeft de WAC de individuele voorstellen voor ketenbrede afspraken van het bedrijfsleven individueel getoetst. De WAC-leden toetsten de voorstellen voor maximumnormen vanuit hun wetenschappelijke expertise. De WAC-leden gaven aan meer duiding bij de voorstellen nodig te hebben om tot een goed advies te kunnen komen. Alle tot en met medio 2018 ingediende ketenbrede afspraken zijn (één uitgezonderd) als niet of weinig ambitieus beoordeeld door de WAC; de WAC adviseerde grotere reductiestappen, bredere productcategorieën, kortere doorloopperiodes etc.. Ondanks de adviezen van de WAC heeft de Stuurgroep alle afspraken vastgesteld. Reden hiervoor is dat de Stuurgroep de voortgang niet wilde belemmeren. Ten opzichte van de Akkoordambities zijn de voorgestelde reductiestappen niet groot, maar de Stuurgroep zag wel meerwaarde voor de totale productverbetering en vond het van belang dat deze reductiestappen genomen zouden worden.

De Stuurgroep en de WAC hebben in 2018 gezamenlijk besloten dat de WAC niet meer de individuele ketenbrede afspraken zou beoordelen. De WAC heeft in 2019 de totale set aan de tot dan toe ingediende ketenbrede afspraken getoetst op impact en ambitie. Aan het einde van het Akkoord heeft de WAC een eindevaluatie gemaakt. De WAC concludeerde dat de doelstelling van het Akkoord uit 2014 voor zout voor bijna 20% is gehaald indien alle afspraken zouden worden nagekomen. Voor suiker was geen concreet doel afgesproken. Daarbij gaf de WAC aan dat het ambitieniveau van de doelstelling uit het Akkoord erg hoog was. Er werd al vaker geconcludeerd dat het ambitieniveau niet gehaald zou gaan worden, terwijl er wel resultaten zijn geboekt ten aanzien van productverbetering. Daarnaast gaf de WAC aan dat de afspraken vaak zijn opgesteld voor een beperkte specifieke groep producten en het niet altijd duidelijk was welke producten onder een afspraak zouden worden meegenomen en welke niet. Ook zag de WAC een onnauwkeurigheid in de voorspelling van de effecten van het Akkoord op de inname van zout en suiker, omdat er geen volumegegevens bekend waren.